De standaard carrosserie van de S3 had enkele subtiele verschillen met de S2.
Zo hadden ze de nieuwe richtingsaanwijzers in de front en zijvleugels vooraan.
Kleinere overriders op de bumpers - hoewel voor de uitvoer naar de VS en voor sommige klanten - de zwaardere uitvoering werd behouden.
Samen met een lagere motorkap, vierlichtindeling en een gewijzigde grille werd de weg vrijgemaakt voor de Bentley T-1 in 1965.
Bentley S3 Veuve Clicquot edition
De 6.2L motor van de S2 werd behouden maar met grotere carburatoren en het inductiesysteem en de compressieverhouding werd gewijzigd.
Ook werd de stuurbekrachtiging verbeterd.
Er werd ook een S3 Continental versie gebouwd de meeste met koetswerk van H. J. Mulliner & Co..
Zoals bij eerdere Continentals was het sportievere "fast back" koetswerk volledig in aluminium.
Dit, in combinatie met hogere versnelling en de betere compressie ratio's zorgde voor een aanzienlijk snellere auto.
Bentley S3 (1965)
Vier-deurs Continentals door H.J. Mulliner stonden bekend als de "Flying Spur", hoewel vier-deur Continentals door andere carrosseriebouwers werden soms ten onrechte aangeduid als "Flying Spurs".
Ondanks dat de Continentals aanzienlijk duurder waren, was er veel vraag, maar toch werden ze in veel kleinere aantallen geproduceerd dan de standaard S3 sedan.
Aantal gebouwd van 1962 tot 1965 : S3 : 1286 (waarvan 1 drophead coupé van H. J. Mulliner & Co.) S3 lange wielbasis : 32 (7 met koetswerk van James Young) Bentley S2 Continental : 311 (291 van H.J. Mulliner en 20 van James Young)
