Kort na de lancering was de Apollo 13 in een parkeerbaan om de aarde gebracht.
Had de ontploffing zich op dit moment voorgedaan, dan had men direct weer op aarde kunnen landen.
Helaas had de Apollo 13 op het moment van de ontploffing de parkeerbaan al verlaten en was hij op weg naar de maan.
Na het ongeval beschikte Apollo 13 over onvoldoende brandstof om direct terug te keren.
Het ruimteschip voer daarom verder naar de maan en gebruikte de zwaartekracht van de maan om terug te keren.
Tenslotte werd de daalmotor van de maanlander gebruikt om te vertragen.
Met de stuurraketjes van de maanlander werden koerscorrecties uitgevoerd.

Tijdens de rest van de reis kon er geen gebruik meer worden gemaakt van de zuurstof en de klimaatregeling uit de gehavende servicemodule.
De maanlander moest deze taak overnemen, maar hij was slechts berekend op een verblijf van twee dagen door twee astronauten, niet van vier dagen door drie astronauten.
Om energie te besparen werden alleen de onmisbare apparaten in bedrijf gehouden; zo werden er geen televisieopnamen meer gemaakt.
Door het lagere energieverbruik daalde de temperatuur in de maanlander aanzienlijk.
Een ander probleem was dat het kooldioxidegehalte van de lucht opliep.
Er waren voldoende kooldioxidefilters aan boord, maar die waren opgeborgen in de daaltrap en daardoor buiten bereik - ze waren bedoeld voor gebruik tijdens het verblijf op de maan.
De filters van de commandmodule waren van een ander type en pasten niet op luchtbehandelingsapparatuur van de maanlander.
Dit laatste werd in een crisisoverleg opgelost door de bemanning van diverse onderdelen een adapter te laten bouwen, zodat de afwijkende filters van het moederschip gebruikt konden worden en het kooldioxidegehalte binnen aanvaardbare grenzen werd gehouden.

De bemanning had geen toestemming gekregen om het ruimteschip te verlaten en de schade te inspecteren.
Waarschijnlijk zou een dergelijke actie onverantwoord zijn geweest omdat er lucht mee verloren ging.
Pas op 17 april, kort voor de landing op aarde, werd de gehavende servicemodule afgestoten en kregen de bemanningsleden zicht op de schade ("It's really a mess").
Ze maakten foto's die van belang waren om de oorzaak van de ramp vast te stellen.

De servicemodule was niet ontworpen om op aarde te landen en het was dus niet mogelijk de module mee terug te nemen voor onderzoek.
Ook de maanlander kon niet op aarde landen en moest worden afgestoten.
Jim Lovell sprak de woorden "Farewell, Aquarius, and we thank you."
De maanlander, die een thermo-elektrische radio-isotopengenerator met 3,9 kg plutonium bevatte en die niet bedoeld was om op aarde terug te keren, werd naar een veilige plek in de Stille Oceaan gestuurd.
Haise vroeg waar de maanlander terecht zou komen, maar dat wist de vluchtleiding niet precies.
Haise: "She sure was a good ship.

De rest was routine en de beproefde bemanning kon op aarde landen.
Nadat de bemanning veilig geland was zei Jim Lovell: "The ship is stable and Apollo 13 signing off.

Uit nader onderzoek van NASA bleek dat bij de montage van de Apollo 10 een defecte zuurstoftank was vervangen.
De tank werd gerepareerd en werd later voor de Apollo 13 gebruikt.
Ondanks alle positieve testuitslagen was de tank dus toch niet in orde geweest.

Een spoel voor het verwarmen van de zuurstof in de tank was ontworpen voor 28V/2A maar in Apollo 13 werd 56V/4A gebruikt.
De isolatie smolt weg en een kortsluiting volgde.
Een vonk die hierbij ontstond liet de tank ontploffen.

Het incident vormde voor Sam Greenberg van Grumman Aerospace, de bouwer van de maanlander, aanleiding om voor de grap aan North American Rockwell, de bouwer van de zuurstoftank, de 400.000 mijl sleepkosten (à 1$/mijl) te factureren, plus de vier niet geplande overnachtingen "bed and breakfast" van Swigert, de piloot van de commando-module.

In 1995 verscheen Apollo 13, een film over van de vlucht van de Apollo 13.
Tom Hanks speelt de commandant van deze vlucht.
Andere rollen worden gespeeld door Bill Paxton, Kevin Bacon, Gary Sinise en Ed Harris.
De film biedt een tamelijk nauwgezette reconstructie van de rampvlucht.